2013年の不祥事以降、PL学園は後任の野球部監督を立てることができず、前代未聞の「監督不在」という泥沼に陥りました。
PL学園の教員採用や指導者登用には「母体であるパーフェクトリバティー教団（PL教団）の信者であること」という原則が存在したため、外部から有能な指導者を招へいすることが極めて困難でした。その結果、野球経験のない当時の学校長がユニフォームを着てベンチ入りする異例の事態が続き、現場の統率と指導環境は崩壊していきました。
さらに根本的な要因として、PL教団自体の信者数減少と学校の定員割れが挙げられます。かつて数千人規模を誇った生徒数は年々減少し、学校経営そのものが合理化を迫られました。莫大な維持管理費がかかる野球部の寮生活や専用グラウンドの維持は、教団・学校側にとって重い負担となっていったのです。その結果、学校側は2014年10月に「2015年度以降の新入部員募集停止」を発表し、休部へのカウントダウンが決定づけられました。
