本作の鑑賞後、多くの人が反芻するのが『子宮に沈める』という極めて不穏で詩的なタイトルの意味です。「なぜ『育てる』でも『捨てる』でもなく、『沈める』なのか」。ここには、本作の主題を貫く複数の重層的なメタファーが込められています。
第一の意味は、「密室マンションという人工の子宮」です。作中で描かれるワンルームは、外の光が遮断され、ゴミと排泄物で満たされていきます。本来であれば生命を育み守るはずの子宮が、換気も清掃もなされない淀んだ羊水へと変貌し、子供たちの命を窒息させていく。閉ざされた密室は、母子にとってのシェルターであると同時に、脱出不能な死のゆりかごとなったのです。
第二の意味は、「母性神話への強迫と回帰」です。日本社会には根強く「母親なら命を懸けて子供を愛するべきだ」という無言の圧力が存在します。夫と離婚し、実家にも頼れず、行政の支援窓口にも手が届かなかった由希子は、「立派な母親であらねばならない」という理想に押しつぶされていきました。ラストシーンで遺体を洗う行為は、外界の汚れた現実から子供たちを守るために、死という絶対的な純潔のなかで「もう一度自分の体（子宮）の内側へ戻そうとした」という心理的退行を表しています。
第三の意味は、「社会による不可視化（不可視の底へ沈めること）」です。児童相談所への通告がありながら救えなかった実際の事件と同様、密室の中で助けを求めていた子供たちの声は、分厚いドアの外側には届きませんでした。母親個人の資質の問題へと矮小化し、孤立した家庭を見落とし続ける社会の無関心そのものが、子供たちを暗い底へと沈めたのだという、監督の怒りがこの題名に凝縮されています。
