名門大洋フェリーの運賃は、利用日によってA期間（通常期）からC・D期間（繁忙期・連休）まで変動するカレンダー運賃制を採用しています。しかし、予約方法やキャンペーンの選び方次第で支払額に大きな差が生じます。
基本となるのは公式サイト経由の「WEB予約割引」です。インターネット予約を行うだけで基本運賃から割引が適用されるほか、早期に旅程を確定できる場合は「早割28」「早割14」などの早期購入割引を活用することで、通常運賃から最大約20〜30%相当のプライスダウンを受けることが可能です。
また、自家用車やバイクで乗船するマイカー層向けの「マイカープラン」や、徒歩乗船者向けの往復割引、学生割引、シニア割引など多彩なパッケージが用意されています。高速道路の深夜割引やガソリン代、長距離運転に伴う疲労リスク、ホテル宿泊費を総合的に合算すると、名門大洋フェリーの車両積載プランは移動と宿泊を兼ね備えた極めて合理的な交通手段と言えます。
