数多くのメリットを持つ一方で、天然繊維ならではの取り扱い難さや物理的制約が存在することも事実です。購入後に「こんなはずではなかった」と後悔しないために、シルク枕カバーのデメリットを客観的に把握しておく必要があります。
第一に挙げられるのが、水や熱、摩擦に対するデリケートさです。シルクは濡れた状態での摩擦に極めて弱く、通常の洗濯物と一緒に全自動洗濯機で脱水まで行うと、繊維が毛羽立って特有の滑らかさと光沢が急速に失われます。専用のおしゃれ着洗い用中性洗剤を用いた手洗いや、陰干しといったメンテナンスが求められる点は、家事の手間を減らしたい層にとって最大のハードルとなります。
第二に、「滑りやすさ」による寝心地の変化です。摩擦が少ないという長所の裏返しとして、頭が枕から滑り落ちたり、カバー内部で枕本体がズレてしまったりすることがあります。特に高い枕を好む方や、ポリエステル系中材の枕を使用している場合、違和感を覚えるケースが報告されています。
第三に、導入コストと耐久性のバランスです。一般的な綿カバーが1,000円〜2,000円台で購入できるのに対し、高品質な天然シルクカバーは4,000円〜1万円前後の価格帯となります。さらに、後述する生地の厚み（匁数）によっては半年から1年程度で生地が擦り切れて薄くなる場合もあり、定期的なランニングコストが発生します。
第四に、紫外線や経年による変色（黄変）です。シルクに含まれるタンパク質は日光の紫外線や皮脂を吸収して繊維を守る性質があるため、長期間の使用や直射日光での乾燥によって徐々に黄色く変色していきます。そして第五の落とし穴が、市場に氾濫する合成繊維による模倣品・偽物の存在です。
