恋人を失い、海を見ることすらできなくなったひな子は、深い絶望と孤独の中に沈んでいきます。そんなある日、二人の思い出の曲である主題歌「Brand New Story」を口ずさむと、コップの水の中に小さな港の姿が現れます。「ひな子が歌えば、いつでも水の中に現れる」という奇跡を知った彼女は、携帯用ポットやお風呂、イルカのビニール浮き輪に水を入れて港を持ち歩くようになり、周囲から見れば奇異な「水の中の彼氏との同棲生活」にのめり込んでいきます。
しかし、水の中の港には実体がなく、触れ合うこともできなければ、周囲の人々にその姿を認識してもらうこともできません。港の後輩消防士である川村わさびや、港の妹である雛罌粟洋子らは、現実逃避を続けるひな子を激しく案じます。ひな子自身も「港をこの世に縛り付けているのではないか」という痛切な葛藤に直面することになります。
物語のクライマックス、違法花火が原因で建設途中の巨大複合タワー（ポートタワー）で大規模な火災が発生します。現場に取り残された洋子とわさびを救うため、ひな子は意を決して現場へ駆け込みます。火の手が迫り絶体絶命の危機に瀕したとき、ひな子は港の力を借り、屋上の消火用水を操ってビルを呑み込む巨大な水柱を出現させます。ひな子はサーフボードを手にその激流の波に乗り、見事二人を救出することに成功します。
波の上で、ひな子と港は最後の抱擁を交わします。自分の足で立ち、自分の波に乗る強さを取り戻したひな子の姿を見届けた港は、「ひな子はもう、一人で波に乗れるよ」と言い残し、光の粒子となって空へと還っていきました。翌年のクリスマス、かつて港が千葉ポートタワーのメッセージサービスに残していた「ひな子がいつか自分の波に乗れるように」という録音テープを聴いたひな子は、大粒の涙を流しながらも、未来へ向かって歩き出す笑顔を取り戻すのでした。
