大蛇丸の生死を巡る議論で最も多くの読者が混乱するのが、「サスケによる暗殺」と「イタチによる十拳剣での封印」という二重の退場劇です。公式データブック『者の書』および原作コミックスの描写を精査すると、厳密には「肉体の主権喪失」と「精神の異界封印」というプロセスを経ており、通常の忍のような肉体的な完全死（心肺停止による霊魂の浄土行き）には至っていませんでした。
最初の契機となったのは、原作コミックス第38巻（第343話〜第346話）、アニメ『NARUTO -ナルト- 疾風伝』第113話〜第114話で描かれた大蛇丸とサスケの戦いです。両腕の壊死と肉体の拒絶反応により病床に伏せていた大蛇丸は、限界を迎えて自身の本体である「巨大な白い鱗の蛇」の姿を現し、サスケの肉体を奪うべく禁術・不屍転生を発動しました。精神世界においてサスケを呑み込もうとしたものの、うちはの血を引くサスケの写輪眼の力によって術を逆転され、精神世界ごとサスケの体内に取り込まれる形で主権を奪われました。この時点で、世間一般には「大蛇丸はサスケに殺害された」と認識されることになります。
決定打となったのが、原作第43巻（第392話〜第393話）、アニメ疾風伝第137話〜第138話の「兄弟対決」です。サスケが兄・イタチとの死闘でチャクラを使い果たした瞬間、サスケの抑制が外れ、彼の体内から大蛇丸のチャクラが「八岐（ヤマタ）の術」として巨大な八頭八尾の白蛇の姿で解放されました。しかし、イタチが展開したスサノオが携える神器「十拳剣」によって刺し貫かれます。十拳剣は突き刺した対象を酔夢の幻術世界へと永久に封じ込める力を持っており、大蛇丸の意識とチャクラの大半はこの瓢箪の中へと吸い込まれ、完全に封印されました。飛び散った小蛇の1匹もイタチの「天照」で焼き尽くされたため、作中人物も読者も「大蛇丸の完全なる消滅」を確信した瞬間でした。
