イオンモール熊本の構造は、総合スーパー「イオン熊本店」を東核、シネマコンプレックスや大型専門店を西核に配した、地上2階建ての「2核1モール型」サーキット構造を採用しています。東西の長さは約300メートルにおよび、何も考えずに端から端まで往復するだけで体力を大きく消耗します。効率的に買い物を楽しむためには、まずイオンモール熊本のショップガイドやマップ詳細を頭に入れ、目的別の拠点（ベースキャンプ）を決めることが鉄則です。
1階は「日々の暮らしと上質な食・ファッション」をテーマにしたフロアです。東側のイオン熊本店（食品・日用品売り場）から中央のイベントスクエア、そして西側の大型ライフスタイル店舗やレストラン街へと一直線に繋がっています。高級感のあるコスメショップやトレンドファッション、インテリア雑貨が並び、落ち着いたトーンでショッピングを楽しみたい層に適した設計です。
対する2階は「ファミリー・キッズ＆大型エンターテインメント」のフロア。東側には子供服・ベビー用品・学用品を集約したキッズワールドが広がり、中央部には約1,000席を誇る巨大なフードコート、西側には「イオンシネマ熊本」やアミューズメント施設「楽市楽座」が配置されています。子連れファミリーや若年層のグループが滞在しやすい設計になっており、階層ごとに明確なターゲットの棲み分けがなされています。
巡回時の最大の盲点は、中央のエスカレーターおよびエレベーターの配置間隔です。東西に長いため、目当ての店舗が反対側にあると戻るだけで5分以上のロスが発生します。「重い食品や日用品の買い物は最後に回し、まずは2階西側のエンタメ・雑貨から攻める」、あるいは「1階西側駐車場に車を停めて映画・飲食を済ませた後、東側へ移動して生鮮食品を積んで帰路につく」といった、移動エネルギーを最小化する動線設計を意識してください。
