瀧川神社歴史由緒を語る上で避けて通れないのが、「瀬織津姫封印の真相」をめぐる神道史のミステリーです。瀬織津姫は『大祓詞』において絶大な存在感を放ちながら、国家正史である『古事記』や『日本書紀』の神名記からは意図的にその名が消去されています。
民俗学や古代史の研究者間では、大和朝廷による祭祀統一の過程で、天照大御神（アマテラスオオミカミ）の権威を唯一絶対のものとするため、水神・龍神として強大な土着信仰を持っていた瀬織津姫の存在が秘匿・改変されたという説が有力視されています。天照大御神の「荒魂（あらみたま）」、あるいは祓戸の神として別名で祀られ、表舞台から姿を消したと伝えられる理由がここにあります。
そうした歴史的背景のなかで、公式Instagram等の由緒書きにもある通り、この三島の小社は「瀬織津姫さま生誕の地」としての伝承を頑なに守り継いできました。近隣の三嶋大社が東海道の表舞台で武将たちの崇敬を集めた「陽」の象徴であるならば、人里離れた丘陵地の湧水地に鎮まる瀧川神社は、国家神道の表層に埋もれた原始の水神信仰を静かに護り続けた「陰（根源）」の聖域といえます。失われた女神の根源的な息吹を肌で感じられる場所だからこそ、本質的な信仰を求める人々が遠方から足を運ぶのです。
