事件直後に奈良西警察署へ留置された山上被告は、約半年間に及ぶ鑑定留置を経て起訴され、現在は大阪拘置所に身柄を移されています。接見制限が一部緩和されて以降、弁護団や限られた親族、支援者との面会が継続して行われています。
拘置所内での山上被告は極めて規律正しく、静かな生活を送っていると報じられています。弁護関係者や面会に訪れたジャーナリストの証言によると、本人は取り乱すこともなく、差し入れられた歴史書、哲学書、社会科学系の専門書を貪り読むように読書に没頭している状況です。また、健康状態に大きな問題はなく、淡々と自身の考えを整理しながら司法の場を待つ姿勢を維持しています。
特筆すべきは、全国から大阪拘置所に届く支援物資や信託金の多さです。報道各社の取材データによると、拘置所の規定上限に達するほどの衣類や現金、書籍が送付されており、署名サイトで開始された減刑署名活動には1万人を超える署名が集まりました。しかし本人は、自身への過度な英雄視に対して冷静な距離を保ち、「自分がやったことの重大さは理解している」という趣旨の供述を続けています。