日本料理の現場で受け継がれてきた幽庵焼きの味付けは、非常にシンプルでありながら計算し尽くされたバランスで成り立っています。幽庵地の割合（酒・みりん・醤油）は、同割と呼ばれる「1：1：1」が絶対的な基本基準です。
みりんのまろやかな甘味とアルコール分、酒による魚の生臭さのマスキング効果、そして醤油のアミノ酸と塩分が三位一体となり、魚本来の旨味を底上げします。ここに加わるのが柚子やすだちといった柑橘類の爽快な酸味と香り成分（リモネンなど）です。柑橘の酸は魚の脂っぽさを和らげ、後味を格段に上品に引き締める役割を果たします。
調理前の極めて重要な工程として、生鮭の下処理と臭み取りがあります。スーパーで購入した生の秋鮭や銀鮭の表面には、トリメチルアミンをはじめとする魚特有の生臭み成分を含むドリップ（水分）が付着しています。切り身の両面に軽く塩（重量の約1%）を振り、10分〜15分ほど置くことで、浸透圧の働きにより余分な水分と臭みが外へ排出されます。浮き出たドリップをキッチンペーパーで丁寧に拭き取ってから幽庵地に漬け込むことが、プロの仕上がりに近づく第一歩です。
また、生の柚子が手に入らない季節や地域でも諦める必要はありません。鮭の幽庵焼きにおける柚子とレモンの代用は十分に可能です。レモンを使用する場合は、柚子に比べて酸味がやや強いため、果汁の量を柚子の7割程度に抑え、皮の白いワタ部分を除いた黄色い外皮だけを極薄くスライスして漬け込むと、苦味を出さずに爽やかな芳香を再現できます。すだち、かぼす、あるいは市販のストレート柚子果汁小さじ1〜2でも代用可能です。
