高校選びにおいて最初の判断材料となるのが偏差値と入試難易度です。玉名女子高校には複数の専門学科とコースが設置されており、学科ごとに求められる学力水準や適性が明確に異なります。
最も高い学力水準が求められるのが看護科です。偏差値は例年50〜53前後で推移しており、熊本県内の私立高校専門学科としては上位に位置します。高校3年間と専攻科2年間を合わせた「5年一貫教育」を採用しており、最短ルートで看護師国家試験の受験資格を取得できるため、県内全域のみならず九州各県から志の高い受験生が集まります。
一方、プロの料理人やパティシエを育成する食物科や、多彩な進路に対応する普通科(ビジネス、アニメデザイン、福祉医療などの各コース)の偏差値は42〜46前後となっています。これらの学科・コースでは、ペーパーテストの点数だけでなく、面接や推薦入試における志望動機、将来の明確な目標意識が合否を大きく左右する傾向にあります。