精密検査を前にして、多くの受診者が不安に感じるのが「自己負担の医療費」と「どの医療機関を受診すべきか」という問題です。まず原則として、スクリーニング目的の健康診断や人間ドックは自費（全額自己負担）で行われますが、要精密検査を受けてからの検査費用は公的医療保険が適用されます。医師が「病気の疑いがあるため医学的な精査を要する」と判断した保険診療扱いとなるため、原則3割負担（高齢者は所得に応じて1〜2割負担）で受診可能です。
検査費用の相場（3割負担時）は、実施する検査内容によって変動します。大腸内視鏡検査は観察のみであれば約5,000円〜6,000円、ポリープ切除を同時に行った場合は手術扱いとなり約20,000円〜30,000円程度となります（加入している民間医療保険の給付金対象となる場合があります）。胃カメラは生検の有無により約4,000円〜10,000円、胸部CT検査は約5,000円〜7,000円、腹部エコーと血液精密検査の組み合わせは約3,000円〜5,000円が一般的な目安です。
受診先を選ぶ際、最も注意しなければならないのが「紹介状なしで大病院へ駆け込むリスク」です。健診結果票に「大病院で精査してください」と書かれていたとしても、200床以上の地域医療支援病院や大学病院などの特定機能病院を初診で受診する場合、紹介状（診療情報提供書）がないと国が定めた「選定療養費」が正規の医療費とは別に加算されます。
選定療養費は初診時で最低でも7,700円以上（大病院によっては1万円超）の追加実費請求となり、保険が効きません。精密検査を受ける際は、健診を受けた医療機関の併設クリニックや専門外来を受診するか、近隣の専門クリニック（胃腸科、消化器内科、呼吸器内科、循環器内科など）をまず予約するのが最も合理的です。クリニックで精査を受けた結果、高度な手術や入院が必要と診断された段階で大病院への紹介状を発行してもらうルートが、費用と待ち時間の双方で最も負担が少なくなります。
