アンノーンコレクターをさらに熱狂させるのが「色違い（青色）」の存在です。ただし、アンノーンの色違いには厳格なルールが存在します。
基本的に、アンノーンの色違いは「対象イベントで色違い解禁が明記されている文字」のみ出現します。通常時に万が一野生で遭遇したとしても、その文字が過去に色違い解禁されていなければ、色違いで出現することはありません。
GO Festなどの有料グローバルイベント期間中、公式に色違い確率アップがアナウンスされている場合、その出現確率は約1/64（約1.5%）前後に設定されているケースが通例です。コミュニティ・デイ（約1/25）ほど甘くはないものの、伝説レイド（約1/20）に近い高確率に設定されるため、イベント期間中に数百匹を捕獲できれば数種類の色違いを確保できる計算になります。
