海の森水上競技場へ足を運ぶ際、訪問者が最も直面するハードルが交通アクセスの難しさです。現地を訪れる前に交通事情を把握しておかなければ、現地で途方に暮れるリスクがあります。
最寄り駅はりんかい線の東京テレポート駅となりますが、そこから徒歩で向かうことは現実的ではありません。東京港臨海道路やゲートブリッジ周辺は歩行者の通行が規制されている区間があり、距離も約5キロ以上離れています。公共交通機関を利用する場合、東京都交通局が運行する路線バス（都営バス「波01」系統など）を利用することになりますが、ここで最大の罠が存在します。
この路線は主に中央防波堤地区の勤務者を想定したダイヤ設定となっており、平日は一定の本数があるものの、土曜日・休日は極端に運行本数が減少します。1時間に1本程度、時間帯によってはそれ以上の空白が生じるため、事前に時刻表を分単位で確認しておくことが不可欠です。なお、大規模フェスや公式大会開催時には、東京テレポート駅や新木場駅から専用シャトルバスが運行されるケースが多いため、イベント公式サイトの案内を必ず確認してください。
個人利用における最も快適な移動手段は自家用車です。施設内には約100台収容の駐車場（1回500円）が完備されており、お台場方面や新木場方面から東京ゲートブリッジを経由してスムーズにアクセスできます。ただし、駐車台数には限りがあるため、人気の一般公開日や小規模イベント開催時は午前中の早い段階で満車になる点に注意が必要です。
