物語の全貌を深く理解するために、清太と節子が辿った運命の軌跡を時系列に沿って紐解いていきます。映画は冒頭から衝撃的な告白で幕を開けます。
1. 昭和20年9月21日夜：三ノ宮駅での孤独な死
物語は、敗戦から約1か月が経過した1945年（昭和20年）9月21日の夜、国鉄三ノ宮駅構内で始まります。ボロボロの服を身にまとい、駅の柱に力なく寄りかかる14歳の清太。「昭和20年9月21日夜、僕は死んだ」というモノローグとともに、清太は駅員や通行人に見守られることもなく、静かに息を引き取ります。
駅員は清太の遺骸を検分し、腹巻の中から錆び付いたサクマ式ドロップスの缶を見つけます。「ゴミか」と駅前広場の草むらへ投げ捨てると、その缶から小さな骨のかけらがこぼれ落ち、無数の蛍の光とともに、着物姿の幼い節子の霊が現れます。寄り添う清太の霊とともに、兄妹の記憶を巡る回想へと時間が巻き戻ります。
2. 神戸大空襲と母の凄惨な死
1945年6月5日、米軍のB29爆撃機による神戸大空襲。海軍大尉の父を出征で見送っていた清太は、心臓を患う母を先に防空壕へ避難させ、妹の節子を背負って猛火の中を逃げ惑います。清太たちの家は焼失し、街は火の海と化しました。
難を逃れて避難所の国民学校へ向かった清太を待っていたのは、全身に重度の火傷を負い、包帯で幾重にも巻かれた変わり果てた母の姿でした。母は言葉を発することもできないまま、間もなく息を引き取ります。幼い節子に母の死を告げることができない清太は、その悲痛な事実を胸の奥底へ押し殺し、西宮に住む遠縁の叔母の家へ身を寄せることを決意します。
3. 親戚の叔母宅での生活と広がる溝
西宮の叔母の家で暮らし始めた当初、清太が持参した母の遺品（着物や食糧の買い置きなど）に叔母は歓喜し、歓迎的な態度を見せます。しかし、物資の欠乏と配給の遅延が深刻化するにつれ、状況は暗転します。
叔母の娘や同居する下宿人は、工場や学校など国のための「勤労奉公」に励んでいましたが、清太は学校の工場が焼失したことを理由に勤労動員にも参加せず、昼間から節子と遊んで過ごしていました。叔母の態度は次第に刺々しいものとなり、「お国のために働かない者に食べさせる米はない」と、食事の雑炊を露骨に差別するようになります。具のない汁ばかりを盛られる日々に耐えかねた清太は、母の残した預金を引き出し、自炊を試みるものの、叔母の小言や嫌味は止まりませんでした。
4. 横穴壕での二人暮らしと急速な破滅
叔母の冷たい視線と理不尽な扱いにプライドを傷つけられた清太は、節子を連れて叔母の家を出る決断を下します。二人が新天地として選んだのは、近くの池のほとりにある防空壕（横穴壕）でした。
誰にも気兼ねすることのない二人だけの生活に、初めは歓喜する清太と節子。夜には捕まえてきた蛍を防空壕の中に放ち、柔らかな光の中で母を思い出しながら眠りにつきます。しかし、翌朝には蛍がすべて命を落としていました。節子は地面に小さな穴を掘り、「蛍のお墓を作っとるんや」「お母ちゃんもお墓に入ったんやろ。おばちゃんから聞いた」と告げます。清太は、節子が母の死を知っていた事実に衝撃を受け、涙を流します。
二人の生活は急速に困窮していきます。配給は完全に途絶え、食糧を買う金も底をつきかける中、清太は空襲の警報が鳴るたびに近隣の民家へ忍び込んで家財や衣類を盗み、畑の作物を荒らすようになります。ある夜、畑泥棒の現場を農夫に見つかった清太は容赦ない暴行を受け、警察に突き出されますが、警官の同情によって釈放されます。
5. 節子の最期と清太の終焉
過酷な環境と栄養失調により、節子の体調は著しく悪化していきます。全身にできたあせもや湿疹、止まらない下痢。医者に診せるものの、医師は「栄養失調だな」と冷たく告げるだけで、何の薬も与えてくれません。
衰弱しきった節子は、泥で作った団子を「ご飯やで、おあがり」と清太に差し出し、おはじきを口に含んで飴玉の幻影を追うようになります。清太は銀行に残っていた全財産を引き出し、スイカや新鮮な食べ物を買って防空壕へと戻りますが、すでに節子は昏睡状態に陥っていました。清太が差し出したスイカをかすかに口にした節子は、「清太、おおきに」と最後の言葉を遺し、二度と目を覚ますことはありませんでした。
豪雨が去った翌日、清太は一人で雑木林の木炭を集め、藁を敷いた丘の上で節子の遺体を荼毘に付します。骨壺代わりのドロップ缶に節子の遺骨の一部を収めた清太は、横穴壕を去り、浮浪者となって三ノ宮駅へと行き着くのでした。
