みずとぴあ藤岡の大きな強みは、家計に優しい料金体系にあります。入場料は藤岡市内在住者と市外在住者で区分が設けられているものの、市外からの来訪者にとっても民間レジャープールと比べて圧倒的なコストパフォーマンスを誇ります。
一般（高校生以上）の利用料金は、市内在住者がおとな500円前後、市外在住者でも700円台と非常に手頃です。小・中学生は250円〜350円前後、幼児（未就学児）は無料または100円程度で利用できます。さらに、定期的に通う方向けの回数券や定期利用パスも発行されており、健康維持のために通うシニア層からも高い支持を集めています。
営業時間は通常期で10:00〜21:00（最終入場は閉館の45分前〜1時間前まで）となっており、夜間のナイトプール利用や仕事帰りのワークアウトにも対応しています。ただし、日曜・祝日は閉館時間が18:00〜19:00前後に繰り上がる場合があるため注意が必要です。休館日は基本的に毎週火曜日（祝日の場合は翌平日）および年末年始、定期点検期間です。祝日連休などは変則的なスケジュールになることがあるため、公式の月間カレンダーを事前に確認することをおすすめします。
