利用者からの厳しい声を受け、JR東日本も手をこまねいているわけではありません。最大の遅延要因のひとつであるホーム転落事故を防ぐため、京浜東北線では全駅へのホームドア（可動式ホーム柵・スマートホームドア）設置が集中的に進められてきました。
ホームドアの導入完了駅では、転落事故や接触トラブルが劇的に激減するという明確な成果が出ています。しかし一方で、新たな課題も浮上しています。ホームドアの開閉動作に伴う停車時間の増加や、ドア自体の検知センサー誤作動による一時停止など、機械化に伴う微小な遅延が積み重なるケースが散見される点です。
また、将来的な自動運転（ATO）やワンマン運転導入に向けた設備改修工事が各駅で行われており、過渡期特有のシステム調整や確認作業が一時的な運行制限を招く場面もあります。ハード面の安全性は確実に向上しているものの、ダイヤの絶対的な安定性へと結実するにはまだ時間を要しています。
