現在でも動画配信サービスやSNSで切り抜かれ議論を呼ぶのが、しまじろうアニメ問題シーンの存在です。特に90年代に放映された初期作品群には、現在のコンプライアンス基準に照らし合わせると明らかに異質かつ挑戦的なエピソードが幾つも確認できます。
代表的な事例として語り草になっているのが、捨てられたおもちゃが夜な夜な動き出す怪談じみた回や、しまじろうが迷子になり異界に迷い込んだかのような心理的ホラー演出が施されたエピソードです。子どもの危機管理意識を養う教育的意図が根底にあったものの、劇伴音楽の不気味さや影を強調した作画手法が相まって、幼心に消えない恐怖を刻みつけました。
さらに近年では、現行シリーズにおけるしまじろうのわお炎上エピソードとして、友人間での仲間外れや所有物の独占を巡るいざこざが過度にリアルに描かれた回が物議を醸しました。「子どもに見せると意地悪な振る舞いを真似してしまう」というしまじろう保護者の苦情が寄せられたケースもあり、清廉潔白な世界観を求める視聴者と、生々しい人間関係の葛藤を描こうとするクリエイター側の意図が衝突した象徴的な事例と言えます。
