「果物を食べてアレルギーになる」という現象の背後には、現代医学で交差反応（クロスリアクション）と呼ばれる精緻な生体メカニズムが存在します。バラ科果物アレルギーを発症する人の大半は、最初から果物そのものに対して感作（アレルギー抗体を作ること）されたわけではありません。真の原因は、空気中を飛散する樹木花粉の吸入にあります。
具体的には、春先に飛散するカバノキ科（シラカンバ、ハンノキ、ヤシャブシなど）の花粉症を患っている人が、バラ科果物アレルギーを併発する頻度が突出して高いことが立証されています。北海道や東北地方などシラカンバの植生が多い地域では、シラカンバ花粉症患者の約40〜50％がリンゴや桃に対して口腔アレルギーを発症しているという疫学調査が存在します。また、関東以南に広く自生するハンノキの花粉症患者においても、極めて高率に同様の現象が観察されます。
このアレルギー原因の分子レベルの真相は、アレルゲンタンパク質の「酷似」にあります。カバノキ科花粉の主要抗原である「Bet v 1」というタンパク質と、バラ科果物に含まれる病原性関連タンパク質「PR-10（リンゴのMal d 1、桃のPru p 1など）」は、アミノ酸配列および立体構造が鏡のように似通っています。気道粘膜から花粉を吸い込み続けてIgE抗体を作ってしまった免疫細胞は、口から入ってきたリンゴや桃のPR-10タンパク質を「シラカンバ花粉が侵入してきた」と誤認し、激しい防御反応（ヒスタミンの過剰放出）の引き金を引いてしまうのです。
