事件の発端は2000年6月25日、大阪市内の小学生兄弟が雪印乳業大阪工場製造の「雪印低脂肪乳」を飲んだ直後、激しい嘔吐と腹痛を訴えて入院したことでした。その後、関西一円の医療機関へ同様の症状を訴える患者が殺到し、事態は急速に拡大しました。
報道各社や厚生省（当時）の調査によって明らかになった汚染ルートは、複雑かつ致命的な製造現場の油断にありました。汚染の源流は、大阪工場ではなく遠く離れた北海道の大樹工場にありました。2000年3月31日、大樹工場で約3時間の停電事故が発生し、生乳が約35℃前後の菌が最も繁殖しやすい温度のまま長時間放置されました。
この過程で黄色ブドウ球菌が爆発的に増殖し、毒素を産生しました。現場はこの異常を適切に廃棄せず、熱処理を施して菌自体を死滅させたため「安全」と誤認し、脱脂粉乳へと加工して出荷してしまったのです。この汚染された脱脂粉乳が大阪工場に原料として送られ、看板商品であった低脂肪乳に再溶解されて市場へ流通しました。
