日本語の表記において、あやめもしょうぶも同じ「菖蒲」と書く理由は、古代日本の言語感覚と中国から伝来した漢名の混同に端を発します。国立歴史民俗博物館や国語学の文献記録を紐解くと、平安時代以前の日本で「あやめ（あやめぐさ）」と呼ばれていた植物は、現在私たちが目にする紫の花をつけるアヤメではなく、端午の節句で菖蒲湯に使うサトイモ科の「ショウブ」を指していました。
当時の「あやめぐさ」は、強い芳香を持ち、邪気を払う薬草として宮廷儀礼でも重用されていました。漢語の「菖蒲」という文字が日本に伝わった際、薬草としてのショウブにこの漢字が充てられ、和名として「あやめ」の読みが結びつきました。『万葉集』に登場する「あやめ」も、ほぼすべてがこのサトイモ科の薬草を詠んだ歌です。
ところが室町時代から江戸時代へと移り変わる中で、野山に咲く花びらに綾目（美しい網目模様）を持つアヤメ科の植物が「あやめ」の名を引き継ぐ形となり、元祖あやめぐさは音読みの「しょうぶ」と呼ばれるようになりました。さらに江戸時代中期、アヤメ科のノハナショウブをもとに日本独自の大輪園芸品種群である「花菖蒲（ハナショウブ）」が生み出されたことで、人々の認識は完全に交錯します。こうして、「菖蒲（あやめ）」「菖蒲（しょうぶ）」「花菖蒲（はなしょうぶ）」という、同一の漢字を巡る複雑な呼称体系が定着しました。
