車でのアクセスを検討している参拝者にとって注意すべきなのが駐車場の運用体制です。三十三間堂には敷地内に普通車約50台分を収容可能な参拝者専用無料駐車場が完備されています。
ただし、この無料サービスは「拝観時間内の参拝者専用（目安として利用時間は約40〜60分以内）」に限定されています。紅葉・桜のハイシーズンや連休、毎月中旬の行事日（1月の「大的全国大会（通し矢）」や「楊枝のお加持」など）には午前中の早い段階で満車となり、周辺の東大路通・七条通で入庫待ちの車列が規制される事態も発生します。
近隣にはコインパーキングが点在するものの、周辺相場は平日で20〜30分300円〜400円、特定日や休日は最大料金設定がない箇所も多く、駐車料金が高騰しやすいエリアです。マイカー利用の場合でも、京都駅周辺の大型駐車場に車を預けて徒歩で向かうパーク＆ライド方式を選択するほうが、無用なトラブルやタイムロスを回避できます。
