アパートで見つかった女性の絞殺体と、かつて滋賀県でひっそりと孤独死した加賀の母・百合子。一見すると何の接点もない2つの出来事を鮮やかにつないだのは、遺留品のカレンダーに書かれていた「日本橋の橋の名前」だった。加賀恭一郎がなぜ警視庁捜査一課のエリートコースを捨て、日本橋署の刑事に留まり続けたのか。シリーズ最大の謎が、ここでついに明かされる。
事件を紐解くキーパーソンは、演出家として脚光を浴びる浅居博美だ。殺害された押谷道子は彼女の中学時代の同級生であり、博美に会うために上京していた。捜査を進める加賀は、母の遺品に残された文字の筆跡と、博美の身辺に見え隠れする謎の男「越川睦夫」の存在に行き着く。母の失踪理由と殺害事件、そして日本橋を囲む12の橋。すべての点が線で結ばれたとき、加賀は己の血脈に刻まれた過酷な真実と向き合うことになる。