仏壇じまいは単なる家具の廃棄とは異なり、親族の心情や宗教的慣習が深く絡むため、思わぬトラブルに発展するリスクを孕んでいます。代表的なトラブルの筆頭が親族間での合意形成不足です。相談なしに処分を進めてしまい、「先祖を粗末にした」「なぜ一言も相談がなかったのか」と後から親戚間で感情的な亀裂が生じるケースが後を絶ちません。
次に警戒すべきが、菩提寺との関係悪化に伴う離檀料（りだんりょう）の高額請求トラブルです。仏壇じまいと同時にお墓も片付ける（墓じまい・離檀する）際、一部の寺院から「数百万円の離檀料を払わなければ離檀を認めない」と法外な金額を提示される事例が報告されています。
本来、離檀料に法的な支払い義務はなく、感謝の気持ちとして包む相場は通常の法要1〜3回分に相当する50,000円〜200,000円程度が妥当です。トラブルを未然に防ぐには、いきなり「仏壇じまいをします」と一方的に通告するのではなく、「維持管理が難しくなり、先祖を無縁仏にしないためにやむを得ず整理を考えている」という経緯と苦渋の決断を、早い段階から住職に相談ベースで伝える姿勢が極めて有効です。
