長崎空港リムジンバスの長崎市内線は、全席自由・先着順の座席定員制を採用しています。高速ツアーバスのような事前座席予約システムは存在せず、発車時刻前に乗り場に並んだ順に乗車する運用です。
「予約なしで満席になり乗れない事態は起きないのか」という懸念に対し、運行各社は航空便の到着時刻に合わせて柔軟な続行便（増発便）の待機体制をとっています。しかし、大型連休（GWやお盆）、ランタンフェスティバル期間、夕方の長崎発最終便集中時間帯などは、一度に数百人の旅客が乗り場へ押し寄せるため、1本後の便へ回されるケースが散見されます。
さらに注意すべきは道路事情による所要時間のブレです。平日の朝夕ラッシュ時間帯（7:30〜9:00、17:30〜19:00）における出島道路出口周辺や、長崎自動車道の長崎IC付近では自然渋滞が発生しやすく、予定所要時間より15分〜25分程度の遅延が頻発します。復路（市内から空港へ向かう際）は、航空機出発時刻の最低70分前には空港へ到着するスケジュール設計が必須です。
