スタプリを語る上で避けて通れないのが、第48話および最終第49話で描かれた結末です。ここに本作が単なる子ども向けアニメに終わらない決定的な理由があります。
強大な敵との戦いを終えた後、宇宙のバランスを取り戻す代償として、地球と異星間を瞬時に繋いでいたワープの力（トゥインクルブックとスターカラーペンの魔力）は消失します。これはすなわち、ひかるたち地球人と、ララやユニたち異星人が「二度と会えなくなる」ことを意味していました。通常のアニメであれば奇跡の力で都合よく永住が許されるような場面で、本作は物理的な宇宙の広大さと距離の残酷さをそのまま突きつけたのです。
駅の改札のような別れ際、ララが涙を流しながら叫ぶ感謝と別れの言葉、そして地球に残されたひかるたちの喪失感は、ファンの間で「歴代で最も切なく、美しい別離」として語り草となりました。
しかし、物語は絶望で終わりません。大人になったひかるは宇宙飛行士の道を志し、自らの足と科学技術の力で宇宙へと飛び立ちます。そして宇宙船の外殻から広大な宇宙を見つめるひかるの無線機に、かつてと同じ「ルン」という愛しい声が響くラストカット。超自然的な魔法に頼るのではなく、「自分の力で他者に会いに行く」という自立のメッセージこそが、視聴者の涙腺を決壊させた最大の仕掛けでした。
このテーマ性は、2019年10月に公開された『映画 スター☆トゥインクルプリキュア 星のうたに想いをこめて』（田中裕太監督）でも完璧な形で結実しています。言葉を持たない未知の星の子「ユーマ」との絆と別れを描いた本作は、各映画レビューサイトで異例の高得点を叩き出し、「大人が嗚咽するほど泣かされる映画」として文化庁メディア芸術祭などの選考関係者からも熱い視線を集めました。
