本館の魅力は屋外の鉄道遺産だけに留まりません。本館中央棟に併設されている「科学展示室」および「プラネタリウム」は、地域の教育拠点として確固たる地位を築いています。プラネタリウム施設では、小樽の澄んだ夜空に広がる四季の星座や最新の天文学知見を、専門の解説員がライブ感あふれる語り口で案内します。
プラネタリウムの上映時間は、平日が午後を中心に1〜2回、土日祝日や長期休暇期間は午前と午後を含めて3〜4回上映されるダイヤが定着しています。投影時間は約30分から40分間で、観覧料も入館者であれば極めてリーズナブル（大人100円前後、あるいは企画展示連動の無料枠）に設定されています。
取材時に現場スタッフが語った「鉄道を目当てに来館されたご家族が、プラネタリウムの本格的な星空解説に心を奪われ、予定を大幅に延ばして滞在されるケースが後を絶たない」という言葉通り、大人から子どもまで知的好奇心を刺激するコンテンツが凝縮されています。天候が崩れやすい北海道の旅において、雨や強風時でもじっくり学べる全天候型ゾーンとしての実力は際立っています。
