初期の蝦夷地貿易は、アイヌ側と松前側が対等に近い関係で物資を交換する取引の側面を保っていた。しかし、時代の経過とともに藩の財政圧迫が深刻化すると、松前藩は「商場知行制」を導入し、さらにこれを「場所請負制」へと移行させていく。和人商人たちにアイヌとの交易権を請負わせ、そこから運上金（税金）を徴収する仕組みへの転換である。
このシステム化は、交易条件の著しい悪化とアイヌ民族への過酷な搾取を招いた。不満と緊迫感が頂点に達した1669年、アイヌの首長シャクシャインが立ち上がり、大規模な武装蜂起であるシャクシャインの戦いが勃発する。一時は幕府や奥羽諸藩を揺るがせたこの戦いは、松前藩と江戸幕府の連合勢力によって鎮圧された。結果としてアイヌ側の自立性は失われ、松前藩による蝦夷地支配の主導権は確固たるものとなった。
