両ポストは、選出される母体やルール、任期の規定にも明確な違いが存在します。
自民党総裁を決める「自民党総裁選挙」は、党所属の国会議員票と全国の党員・党友票によって争われる党内選挙です。任期は党則により「1期3年、連続3期まで（最長9年）」と定められており、党内規約に基づいた明確な期限が存在します。
一方、内閣総理大臣を選出する「首相指名選挙（首班指名）」は、衆参両院の国会議員による本会議投票で行われます。憲法上、首相の任期に「〇年」という直接の年数制限はありません。衆議院議員総選挙の後に内閣が総辞職し、改めて首班指名を受けるプロセスを繰り返すため、国会で過半数の信任を得続けている限り、理論上は何年でも首相を務めることが可能です。
ただし、自民党が与党である場合、総裁任期が満了して新たな総裁が誕生すれば、現職首相は退陣し、新総裁が国会で次の首相に指名されるのが通例です。
