国道56号の中でも特に悪名高い渋滞ポイントとして挙げられるのが、愛媛県側の起点近くに位置する「松山南道路」周辺です。平日朝夕の通勤時間帯や休日の商業ピーク時には、通過に平時の2〜3倍以上の時間を要することも珍しくありません。国道56号松山南道路の渋滞理由を都市交通工学の観点から分析すると、郊外型ロードサイド店舗の過度な集中と、伊予市・松前町から松山市中心部へ流入する一極集中型の通勤需要が重なっている点が挙げられます。大型商業施設（エミフルMASAKI等）へ出入りする右左折車両が本線の走行車線を塞ぎ、短い間隔で連続する信号機が車両の流出を阻害し続けています。
中予から南予へと南下した先にある大洲エリアでも、構造的トラップが存在します。大洲道路は無料の自動車専用道路として松山自動車道と一体化していますが、旧道との接続インターチェンジ（大洲北只ICや大洲南IC付近）で合流渋滞が日常化しています。事故発生時に本線が閉鎖された場合、ドライバーは旧56号市街地ルートへの進路変更を余儀なくされますが、国道56号大洲道路迂回ルートとして機能すべき旧道も片側1車線の狭小路が多く、市街地全体が格子状に身動きが取れなくなる「グリッドロック現象」に陥るケースが目立ちます。
さらに南の宇和島圏域では、国道56号宇和島道路通行規制が移動計画を狂わせる大きなハードルです。宇和島道路はトンネルが連続する対面通行区間が多く、定期的なトンネル設備点検や舗装補修工事に伴う夜間通行止めが計画的に実施されます。夜間に長距離輸送を行うドライバーは、規制看板を見落として本線から降ろされ、街灯の少ない海岸沿いや峠道の旧道へ迷い込むリスクを常に抱えています。
