周防灘フェリーの隠れた魅力は、深夜・早朝便の存在だ。特に深夜2時や早朝5時といった時間帯の便を利用することで、旅行のスケジュールを最大限に効率化できる。
例えば、前夜に本州側を出発し、深夜便で九州に渡れば、早朝の国東半島や別府温泉にダイレクトにアクセスできる。渋滞を完全に回避できるだけでなく、ホテルの宿泊費を1泊分浮かせる車中泊派にとっても、この深夜航路は非常に魅力的な選択肢となっている。ただし、深夜便は時期によって減便やダイヤ変更が行われることがあるため、運行スケジュールの事前確認は怠れない。