山梨県総合交通センターへのアクセス手段は、自家用車と路線バスの2系統に分かれます。県内の公共交通インフラ事情を鑑みると、約8割以上の利用者が車を選択しています。
車での来場時、山梨県総合交通センターの駐車場は約600台以上を収容できる大規模な無料スペースが完備されています。中央自動車道「甲府昭和IC」から車で約15分、中部横断自動車道「白根IC」からは約10分の距離に位置します。ただし、前述の通り日曜午前のピーク時は敷地内駐車場が満車に近づき、駐車枠を探す車で場内が渋滞することがあるため、受付時間の15〜20分前の現着が安全策です。
公共交通機関を利用する場合、JR甲府駅南口バスターミナルから山梨交通の路線バスが運行されています。アクセス用バスは「運転免許センター経由 鰍沢営業所行き」や「運転免許センター行き」に乗車し、所要時間は約35分〜40分です。平日は定期的な便数が確保されているものの、日曜祝日は運行ダイヤが間引きされるため、事前の時刻表チェックが欠かせません。