サムハラ神社が一般的な神社と一線を画す最大の理由は、その主祭神と特異な文字にあります。祀られているのは、日本神話の冒頭である『古事記』において天地開闢（てんちかいびゃく）の際に最初に現れた「造化三神（ぞうかさんしん）」です。
- 天之御中主神（あめのみなかぬしのかみ）：宇宙の中心を司る根源神
- 高御産巣日神（たかみむすびのかみ）：天の創造・生成発展を司る神
- 神産巣日神（かみむすびのかみ）：地の創造・生命力再生を司る神
この根源神三柱を総称して「サムハラ大神」と称しています。そして、神社名に使われている4つの文字は、漢字の原初形態である神代文字（または特異な神字）に由来しており、通常の漢字辞書やPCの標準フォントには登録されていません。古来よりこの四字そのものに強力な「魔除け・身護り」の霊力が宿るとされ、身につけたり唱えたりするだけで災厄を退けると伝えられてきました。
大阪本庁の起源は、万年筆業界の先駆者である実業家・田中富三郎翁が、自身の郷里である岡山県津山市加茂町（サムハラ神社奥の院）に荒廃していた祠を私費で再興したことに始まります。田中翁自身、日清戦争や日露戦争に従軍した際、サムハラの神字を身につけていたことで幾度となく銃弾を逃れ、無傷で生還したという強烈な原体験を持ちます。その後、1950年代に大阪の自邸近くへ分霊を勧請し、現在の立売堀に鎮座しました。自らの実体験に基づいた「絶対的な無事息災の信仰」が、今なお受け継がれているのです。
