医療系私立大学への進学で最大のハードルとなりやすいのが学費です。東京有明医療大学の学費は、初年度の納入金が学科によって異なりますが、およそ170万〜190万円程度（入学金含む）となっています。4年間の総額では700万円前後の設定となっており、私立の医療系大学としては標準的な価格帯です。
この経済的負担を軽減するために用意されているのが、東京有明医療大学の特待生・奨学金制度です。一般選抜や総合型選抜の成績優秀者を対象とした授業料減免制度（年間授業料の全額・半額免除など）が設けられており、実力次第で国公立大学並みの学費で学ぶチャンスが開かれています。日本学生支援機構（JASSO）の奨学金や病院の修学資金貸与制度（看護学科対象）を併用する学生も多く、事前のリサーチ次第で学費の負担は大幅に抑えられます。
