新劇場版『破』における3号機の事件は、単なる一時的な負傷では終わりませんでした。ここから始まるのが、完結編『シン・エヴァンゲリオン劇場版』まで貫かれる式波アスカ使徒化の経緯です。
使徒に侵食されたエントリープラグ内部で、アスカは光の糸のような使徒の触手によって顔面を貫かれ、精神世界で侵食を受けます。このとき、アスカの身体には第9使徒のコア物質が定着してしまいました。肉体そのものが使徒の特性を帯びたため、ネルフは彼女の左目に「使徒封印柱」を埋め込み、眼帯で覆うことでその力を強制的に抑え込みました。
これが『シン・エヴァ』で描かれた「エヴァの呪縛」による成長停止と、眼帯の下に秘められた神化の力です。アスカは人間をやめる代償として、自らの左目を解放し、裏CODE 999を発動して第13号機を止めるための「使徒の力」を行使します。つまり、松代でのエヴァ3号機への搭乗は、アスカが人間としての平穏な未来を失い、使徒という孤独な存在へ堕ちていく不可逆のチェックポイントだったのです。
