人間の免疫システムの約70%が集まる重要拠点、腸。ここでも砂糖の過剰摂取は深刻な打撃を与える。腸内に生息するカンジダ菌などの悪玉菌や真菌類は、精製された糖分を大好物としている。
糖質が絶え間なく供給されると、悪玉菌が爆発的に繁殖し、腸内細菌叢のバランスが崩壊する。腸粘膜のバリア機能が低下すると、未消化の食物や毒素が血液中に漏れ出す「リーキーガット」と呼ばれる状態を誘発しかねない。慢性的にお腹が張る、アレルギー症状が悪化する、肌荒れが治らないといった原因不明のSOSは、腸内で起きている糖過剰の悲鳴かもしれない。