ESWLは公的医療保険が適用される標準治療です。診療報酬点数として手術手技料が定められており、同一月内であれば複数回照射を行っても一連の治療として算定される仕組み（一連算定）になっています。
患者が窓口で支払う自己負担額（3割負担の場合）は、手術手技料単体で約6万3,000円〜7万円前後です。これに術前の血液検査・画像診断費用、処方薬代、初再診料が加わるため、日帰り治療の場合の総支払額はおよそ7万5,000円〜9万円程度が相場となります。
入院を伴う場合は、ここに病室代（差額ベッド代を含む場合あり）や入院基本料、食事療養費が加算され、1泊2日〜2泊3日の入院で10万〜13万円前後の自己負担となるのが一般的です。なお、70歳未満で一般的な所得区分の患者であれば、同一月内の医療費自己負担限度額（高額療養費制度）が適用されるため、自己負担額には一定の上限が設けられます。
日帰り手術と入院のどちらを選択すべきかは、患者の基礎疾患や医療機関の設備体制によって異なります。
- 日帰り手術のメリット・適応：拘束時間が短く、当日中に帰宅できるため仕事や家事への影響を最小限に抑えられる。単身者でないこと、万一の夜間発熱・激痛時に緊急受診できる距離に住んでいることが望ましい。
- 1泊2日入院のメリット・適応：術後の血尿や激痛、発熱などの急性期合併症に対して、当直医や看護師が常時バイタルや尿量を監視できる安心感がある。高齢者や循環器・腎機能に持病がある場合は入院管理が推奨される。
