豆苗を生で食べるにあたり、絶対に犯してはならない最大の注意点が「再生栽培した豆苗の生食」です。
収穫後の根元を水に浸して日当たりの良い室内で2回目を育てる「再生栽培（リボベジ）」は節約術として大人気ですが、家庭の栽培環境は植物工場のクリーンルームとは全く異なります。室内の気温変化や水受け容器内の停滞水によって、水中の一般細菌やカビ菌が短期間で急激に増殖します。
見た目は青々とみずみずしく育っていても、茎や葉の表面に雑菌が付着しているリスクが非常に高いため、再生栽培で収穫した豆苗は中心部まで火を通す加熱調理（中心温度75℃以上で1分以上）が鉄則となります。これを怠ると食中毒による腹痛や下痢を引き起こす原因になります。
また、調理時の切り落とし位置にも注意が必要です。茎の根元にある「豆」の部分や茶色い種子は、水耕栽培のスポンジや根と密着しており、菌が付着しやすい部位です。切り落とす際は、豆の粒から2〜3cm上の清潔な茎の部分でカットし、豆自体は食べずに廃棄してください。
