私生活において最大の関心事となっているのが、2011年に結婚した妻であり、園作品のミューズとしても知られる神楽坂恵との関係です。騒動発生時には離婚の噂も囁かれましたが、神楽坂恵は園子温の個人事務所の役員・代表として実務面を支え続けており、婚姻関係は維持されています。関係者の証言によると、家庭内では幼い子どもの育児を最優先にしつつ、世間の厳しい視線から静かに生活を守る姿勢を貫いています。
また、園子温は2019年に急性心筋梗塞で緊急搬送され、一時は心肺停止状態に陥るなど生死の境をさまよった過去があります。幸いにも一命を取り留めステント手術を経て復帰を果たしましたが、持病としての循環器系リスクは残されており、騒動による過度の精神的ストレスが重なった時期には健康悪化も懸念されました。現在は激しい撮影現場のプレッシャーからは離れ、日々の体調管理と生活習慣の節制を余儀なくされている状況です。
