冷蔵庫内の納豆を開封する前に、まず確認すべきは「賞味期限」と「消費期限」の法的な定義の違いです。農林水産省および消費者庁のガイドラインにおいて、消費期限は「急速に劣化しやすい食品に表示される安全性の限界（概ね5日以内）」を指すのに対し、賞味期限は「品質が変わらずにおいしく食べられる期限」を定めたものです。納豆には後者の賞味期限が記載されています。
食品メーカー各社が賞味期限を設定する際は、微生物検査や官能検査で得られた「安全に可食可能な期間」に0.7〜0.8程度の安全係数を掛けて短めに算出しています。理論上は、設定された期限を数日過ぎたからといって、直ちに毒性を持つ危険な食品へ変貌するわけではありません。
しかし、「いつまで平気なのか」という問いに対して、タカノフーズやミツカンなど主要メーカー各社の公式見解まとめを確認すると、一様に「賞味期限内にお召し上がりください」との見解を示しています。期限を過ぎると風味が落ちるだけでなく、冷蔵庫のドアの開閉による温度変化で納豆菌が再活動し、品質劣化が加速度的に進むためです。
実態として、冷蔵管理が徹底されていた場合、賞味期限切れ1週間程度であれば、風味の劣化はあるものの身体への実質的な害は生じにくいと判断されるケースが大半です。ところが、賞味期限切れ1ヶ月ともなると話は別です。過発酵によって水分が抜け、大豆が乾燥して固くなるだけでなく、アミノ酸の分解が進みすぎて強烈な刺激臭を放つようになり、一般的な食用には適さない状態へと劣化します。
