石垣空港から離島行きの定期船に乗り継ぐ際、最も警戒すべきは「フライト到着からフェリー出港までの乗り継ぎ時間不足」です。バスの移動時間（30分〜45分）だけを計算に入れてギリギリの船を予約すると、思わぬトラブルで乗り遅れる事態に直面します。
預け入れ手荷物の受け取りに15〜20分、バス乗り場への移動と待ち時間に10〜15分、バス乗車に30〜45分、ターミナルでの乗船手続きに10分を見込むと、飛行機到着からフェリー出港までは最低でも75分〜90分の余裕を確保するのが鉄則です。特に夏休みや大型連休などのハイシーズンは、バスの混雑や乗船窓口の長蛇の列が発生するため、さらに15分程度のゆとりを持たせると安心です。
また、石垣港行き最終バスの時間にも注意が必要です。2026年最新の運行状況では、空港発の最終バスは東運輸が21時台まで運行していますが、竹富島や西表島へ向かうフェリーの最終便は17時〜18時前後に設定されている航路がほとんどです。夕方以降に石垣空港へ到着するフライトの場合は、当日のうちに離島へ渡れるかどうかを事前に運航会社へ確認しておかなければなりません。
