1年間大切に持ち歩いた大吉や、願いが成就した際のおみくじをどう手放すべきか、その引き際にも礼儀作法が求められます。単なる印刷物だからと家庭用の一般ゴミ箱へ無造作に廃棄することは、神仏の分身を粗末に扱う行為とみなされます。
最も望ましい処分方法は、初詣や季節の参拝時に境内に設けられる古札納所お焚き上げ返納作法に則ることです。お札やお守りと同様に、おみくじを古札納所（納札所）の木箱へと納めます。この際、1年間無事に過ごせたことへの感謝を込めて、お賽銭箱に納めるのと同額程度の初穂料（100円〜数百円）を納めるのが丁寧な所作とされています。
「引いた神社が遠方で直接行けない」という場合、基本的には近隣の別の神社へ納めても神道上は問題ありません。ただし、「神社のものは神社へ、寺院のものは寺院へ」納めるのが不可逆の鉄則です。神社で引いたおみくじをお寺の古札入れに納めること、あるいはその逆は、宗教体系が異なるため避ける必要があります。どうしても参拝が叶わない場合は、自宅で白い半紙の上に塩をひとつまみ振りかけ、おみくじを包んで合掌し、感謝の意を述べてから分別回収に出す「家庭内清め処分」が神職からも容認されています。
