多くの保護者が最も恐れている「中学校の特別支援学級を選ぶと高校受験で不利になるのか？」という問いに対する答えは、「受ける高校の種類と自治体の評価基準によって極端に分かれる」というのが厳然たる事実です。この仕組みを理解する上で避けて通れないのが、特別支援学級における「内申点（調査書）」の扱いです。
中学校支援学級の進路決定において最大の障壁となるのが、公立高校の一般入試で必要とされる5段階評価の内申点です。文部科学省のガイドラインに基づきつつも、実際の評価方法は都道府県や市区町村の教育委員会に委ねられています。多くの地域では、特別支援学級（特に知的障害学級）に在籍している生徒に対しては、通常学級と同じ絶対評価の「1〜5」を付けず、評価欄を斜線（評価なし）としたり、文章表記の特記事項のみとしたりする運用が採られています。全日制の公立高校一般入試では、内申点の提出が必須要件となっている場合が多いため、「内申点が出ない＝公立普通科の一般選抜に出願すらできない」という厳しい現実が待ち構えている地域が依然として存在します。
一方で、自閉症・情緒障害特別支援学級に在籍し、授業の多くを通常学級で受けている場合、特別支援学級定期テストの評価を通常学級の基準に換算して5段階評価をつけてもらえる自治体もあります。しかし、定期テストの難易度や提出物の基準が通常学級と同じ土俵で測られるため、高得点を維持することは容易ではありません。文部科学省の学校基本統計等を踏まえた特別支援学級の高校進学率は、現在95%を超えており「高校に行けない」という事態はほぼ回避できますが、その内訳は全日制公立高校ばかりではありません。専修学校高等課程、通信制高校、定時制高校、そして特別支援学校高等部へと大きく分散しています。
