アニメイト秋葉原の基本営業時間は、平日が11:00〜21:00、土日祝が10:00〜20:00となっています（グラッテのラストオーダーは閉店30分前）。平日の閉店時間が21時と遅めに設定されているため、仕事帰りや学校帰りでも落ち着いて立ち寄れます。
混雑を避けたい場合、狙い目は平日の12:00〜16:00です。土日祝日の13:00〜18:00は中央通りの歩行者天国（実施日）とも重なり、レジや階段通路が非常に混み合います。
なお、超人気タイトルの発売初日や大型オンリーショップの初日・週末には、開店前に入場順を決める「整理券（抽選または先着）」が配布されます。整理券は公式X（旧Twitter）などで事前告知されるため、限定アイテムの確実な入手を目指すなら当日の配布時間と集合場所の確認を怠らないようにしましょう。
