本作最大の特徴は、従来のシリーズ作品と一線を画す生々しいアクション要素とシームレスなゲーム体験です。草むらに入って画面が暗転し、ターン制コマンドバトルが始まる従来のルーティンは完全に解体されました。
フィールドを徘徊する野生ポケモンに対し、プレイヤー自らがしゃがんで気配を消し、背後から狙いを定めて直接モンスターボールを投げて捕獲することが可能です。気付かれずに命中させると捕獲確率が跳ね上がる「背面当て」など、プレイヤースキルが直結する駆け引きが熱い支持を得ました。
さらに危険な野生ポケモンや、目が赤く光る手強い「オヤブン」ポケモンは、プレイヤー自身に向かって強烈な技を直接放ってきます。ローリング回避で攻撃を避けつつ、手持ちのポケモンが入ったボールを投げつけることで即座にバトルへ突入。戦闘中も「早業（はやわざ）」や「力業（ちからわざ）」によって行動順や技威力をコントロールする戦略性が加わり、歴代作とは全く異なる緊張感を味わえます。
