関西圏における国立中高一貫校の兵庫県内の難易度において、神戸大学附属中等教育学校は最上位グループに位置します。大手進学塾の模試データ（日能研・浜学園・進学館など）によると、合格目標となる神戸大学附属中等教育学校の偏差値は60〜65前後。これは県立芦屋国際中等教育学校などを大きく上回り、私立難関校である白陵、六甲学院、須磨学園の併願先・本命先としても完全に定着しています。
同校の入試における最大の関門は、募集人員105名（一般適性検査枠）に対して毎年多数の志願者が殺到する点にあります。近年の実質倍率は男女を通じて約4.0〜5.0倍を推移しており、極めて狭き門です。神戸大学附属中等教育学校の入試日程（2026年度）は例年1月中旬に設定され、検定料は国立規定の5,000円となっています。
選抜は適性検査の総合得点で判定されますが、神戸大学附属中等教育学校の合格最低点は非公表である年度が多いものの、大手塾の開示情報分析によると得点率7割前後が当落線上の目安とされています。1問の配点や記述の減点が合否を分ける極めてシビアな争いです。
