家庭で最も手軽かつ生食のクオリティを高く保てるのが、密閉容器とペーパータオルを組み合わせた手法です。プチトマトを長持ちさせる保存容器としては、深さのあるタッパーやガラス製の密閉容器が適しています。
鮮度を最大化する下処理と容器セッティングの4ステップ
1. ヘタを優しくすべて取り外す（無理にちぎらず、実を傷つけないよう根元から外す）
2. 流水で溜め洗いし、汚れをしっかり落とす
3. キッチンペーパーの上に広げ、1粒ずつ完全に水気を拭き取る
4. 保存容器の底にキッチンペーパーを敷き、ヘタの跡を下にして重なり合わないよう並べ、上からもペーパーを被せてフタをする
トマトの原産地は南米アンデス高原の乾燥地帯であるため、冷えすぎに弱い性質を持ちます。そのため、3〜5℃の一般的な冷蔵室よりも、温度がやや高め（5〜8℃）に設定されているミニトマトの野菜室保存が最も適しています。低温障害による水っぽさや甘みの低下を防ぎながら、2〜3週間にわたって採れたてのような歯ごたえを維持できます。
また、料理愛好家の間で知られるミニトマトを水につける保存法（密閉容器に実を入れ、かぶるくらいの冷水を注いで冷蔵室に入れる方法）も、皮の乾燥を防ぎパリッとした食感を保つ上で一定の効果があります。ただし、水溶性ビタミン（ビタミンCなど）が微量ながら流出しやすい点と、2〜3日おきに水を交換しないと水中の雑菌が繁殖して実がふやけて割れるリスクがある点には十分な注意が必要です。
