横浜ならではの地域限定要素が凝縮されているのが、1階「アンパンマンフレンズ」をはじめとするショップ群です。横浜アンパンマンミュージアムの限定グッズとして不動の人気を誇るのが、港町・横浜をモチーフにした「セーラー服姿のアンパンマン」やマリンデザインの限定ぬいぐるみ、名入れができるキーホルダーや限定ステーショナリーです。これらはオンライン販売されておらず、現地を訪れた証としてギフト需要も極めて高くなっています。
また、子どもの記念日利用において絶大な支持を集めているのが、横浜アンパンマンミュージアム レストランの誕生日特典です。1階にある「アンパンマン＆ペコズキッチン（またはプレミアムレストラン）」では、特別な「バースデーパック」が用意されています。レプリカケーキへのろうそく吹き消し、スタッフによる記念写真撮影（オリジナル台紙付き）、風船や王冠のプレゼントなど、低価格のオプション追加で子どもの自己肯定感を刺激する手厚いホスピタリティが受けられます。
