多くの人が抱く疑問の一つが、「国立科学博物館違いはどこにあるのか？」という点です。東京・上野に鎮座する国立科学博物館（科博）は、日本を代表する総合科学博物館であり、自然史（動物、植物、古生物、地学）だけでなく、理工学、科学技術史、日本の先端産業技術までを包括的に網羅しています。
これに対し、純粋な「自然史博物館」は、研究対象を地球の形成史、地質・古生物、そして現生動植物の生態系とその相互作用に特化させています。科学技術の発展史を追うのではなく、「自然そのものの成り立ちと歴史」を徹底的に掘り下げる点が決定的な差異です。
地方自治体が運営する公立の自然史博物館は、地域の固有種や局所的な地質学的発見を世界水準の研究成果と結びつけるキュレーションに秀でています。例えば、世界遺産・富岡製糸場の近くに位置する群馬県立自然史博物館は、群馬の豊かな自然環境の成り立ちを出発点としながら、等身大のティラノサウルス実物大動態模型や進化の系統樹を圧倒的なスケールで描き出します。一方、関西の知の拠点である大阪市立自然史博物館は、大阪湾の環境変遷や身近な里山の生態系を緻密に追跡し、市民参加型調査の先駆者として国際的にも高い評価を得ています。
