清原果耶の生家は大阪府大阪市淀川区にあり、家族構成は父親、母親、3歳年上の姉、そして愛犬（トイプードルのぷーちゃん）と暮らす4人家族です。両親の国籍はともに日本であり、外国籍という事実は一切ありません。
父親の職業については、一部で「医師」「会社経営者」といった噂が飛び交っていますが、これは清原果耶自身が幼少期からクラシックバレエやダンス、歌など多彩な習い事をしていたことから生まれた推測に過ぎず、一般企業に勤める一般人と見られています。幼い頃から娘の表現力を伸ばすため、舞台やミュージカルの鑑賞に連れていくなど、惜しみない愛情と教養を注いできたことが知られています。
母親についても一般人であり、家庭内でのサポートを一手に担ってきました。中学生で芸能界入りした清原果耶が大阪と東京を往復する過密スケジュールの中でも、常に手料理と温かい言葉で支え続けました。オーディションを受けるきっかけを作ったのも母親で、Perfumeの大ファンだった母が「アミューズオーディションフェス2014」を見つけて応募を勧めたというエピソードはファンの間でも有名です。
3歳年上の姉とも非常に仲が良く、大阪の実家で過ごす時間は今でも彼女にとって最大のリフレッシュとなっています。家族の深い絆と安定した家庭環境こそが、彼女の芯の強い落ち着いた演技を支える基盤となっています。
